El Dr. Aguiñaga centra su investigación en temas de sustentabilidad e innovación, particularmente en aquellos relacionados con la economía circular. Su conocimiento en temas de economía circular le valió la posición de Líder de Economía Circular en HEINEKEN México, donde encabezó la estrategia de transición de la empresa a este nuevo modelo económico. Como miembro del Sistema Nacional de Investigadores, se ha desenvuelto como autor de diversos artículos científicos. Sus artículos académicos han sido publicados en revistas tales como The Journal of Cleaner Production y Management Research y The Journal of the Iberoamerican Academy of Management.